Патничките возови меѓу Скопје и Битола се најкористени според бројот на превезени патници. Според податоците на Државниот завод за статистика, прилепската железничка станица е трета по големина во земјава со 60.000 отпатувани патници во 2022 година, по Скопје (150.000) и Велес (116.000 патници).
Од 4 јануари се укинати и линиите Скопје-Куманово-Табановце-Скопје, а од мај 2021 и железничкиот сообраќај на релациите Скопје-Кичево-Скопје и Скопје-Кочани-Скопје. Граѓаните веќе неколку години не можат да патуваат со воз и на релацијата од Скопје кон Белград и Солун.
Во функција се железничките линии Скопје–Гевгелија-Скопје и Скопје–Велес-Скопје.