Шангајската листа ги оценува универзитетите според шест критериуми: број на добитници на Нобелова награда и Филдсов медал, објавени трудови во врвните научни списанија „Nature“ и „Science“, високо цитирани истражувачи, број на индексирани научни публикации и перформанси по глава на жител. Според овие показатели, македонските универзитети се далеку од светската конкуренција. Од Министерството за образование и наука на Македонија најавуваат темелни реформи, зголемување на финансирањето и поттикнување на научната продуктивност.
Од регионот, најдобро рангиран е Универзитетот во Белград, Србија, кој се најде на 401-500 позиција. Универзитетот во Љубљана, Словенија, е рангиран од 501-600 место на листата. На листата се најдоа четири грчки универзитети, од кои најдобро рангирани се Универзитетот „Аристотел“ во Солун и Националниот и Каподистриасов универзитет во Атина, кои се рангирани на 501-600 место. Универзитетот во Загреб, Хрватска, е позициониран на 601-700 позиција на листата.
Од земјите од регионот, без место на Шангајската листа се и универзитетите од Бугарија, Албанија, Косово, Црна Гора и Босна и Херцеговина.
