Идејата при формирањето на оваа Агенција беше развој на технологии и истражувања од областа на нуклеарната физика, физиката на елементарните честички и други истражувања од областа на нуклеарната наука. Целта беше преку Агенцијата да се учествува во научните програми на Европската организација за нуклеарни истражувања ЦЕРН, учество на научници, инженери, техничари и друг стручен кадар од Република Македонија во истражувачките проекти на ЦЕРН, развивање апликации за индустријата, развивање медицински апликации, развивање апликации од областа на енергетиката, изработка на проекти за примена на нуклеарни апликации за мирновременски цели, едукативни активности во областа на нуклеарната наука и технологија, и во други сродни области, соработка со домашни и странски институции и организации од областа на нуклеарните технологии…
Секоја година во Буџетот беа определувани средства за работа на оваа Агенција кои биле користени за хонорарите на членовите на управниот одбор.
