Бојан Шоптрајанов е роден на 26 јануари 1937 година, во Чачак, Србија. Основно и средно образование завршил во Скопје, Велес и во Белград. Во 1955 година се запишал на Групата за хемија, на тогашниот Природно-математички оддел на Филозофскиот факултет во Скопје. Студиите по хемија ги завршил во 1960 година, на Природно-математичкиот факултет во Скопје како најдобар дипломиран студент од својата генерација на Универзитетот „Кирил и Методиј“ во Скопје.
По дипломирањето е избран за асистент на тогашниот Технолошки оддел на Техничкиот факултет во Скопје, а во 1962 г. е избран за асистент на Природноматематичкиот факултет. Во 1964 година се запишал на постдипломски студии на Универзитетот „Индијана“ во Блумингтон, Индијана, во САД, а во 1965 година магистрирал со одбрана на магистерската теза од областа на спектроскопијата.
По враќањето од САД продолжува да работи на полето на инфрацрвената спектроскопија, и во 1973 година ја одбранил докторската дисертација на тема „Спектроскопско испитување на кристалохидрати со посебен осврт на спектарот на водата. Системи со мошне ниски НОН-фреквенции“. Во 1969 година е избран за доцент, во 1975 година за вонреден професор, а во 1981 година за редовен професор на Природно-математичкиот факултет на Универзитетот во Скопје. Бил продекан за настава и наука на Хемискиот факултет и проректор за настава и наука на Универзитетот „Кирил и Методиј“ во Скопје.
„Академик Шоптрајанов држеше извонредно квалитетна и модерна настава по физичка хемија, но и по многу други предмети како: Радиохемија, Историја на хемијата, Спектроскопски примени на теоријата на групи, Спектроскопски методи за определување на молекулски структури и Методологија на научноистражувачката работа по хемија. Исклучително плодна и богата е научноистражувачката работа на академик Бојан Шоптрајанов. Има објавено повеќе од 200 статии во научни списанија (од кои две третини надвор од Македонија), а на научни манифестации презентирал повеќе од 350 пленарни и секциски предавања и други соопштенија (близу половината надвор од нашата земја)“, соопшти МАНУ.
Има објавено и три монографии со научностручен карактер, пет монографски изданија со системски карактер, а автор е на четири универзитетски учебници, односно учебни помагала. Особено значајни се неговите дваесетина учебници/учебни помагала за средното образование, со кои ги постави основите на модерната настава по хемија во овој степен на образованието. Неговите позначајни трудови се однесуваат на спектроскопското изучување на кристалохидратите и за спектроскопските и термодинамичките својства на петчлените хетероциклични молекули, како и на проблемите во областа на образованието.
„Иако резултатите од истражувањата на акад. Бојан Шоптрајанов во областа на структурната хемија, според својот карактер се, главно, фундаментални и придонесуваат за збогатување на светскиот фонд на знаења, дел од нив имаат и конкретна примена, особено во медицината. Академик Шоптрајанов беше раководител на голем број научноистражувачки проекти во Македонија и во поранешна Југославија, како и на заеднички проекти со колеги од Упсала (Шведска), Лондон (Велика Британија), Москва (Русија), Софија (Бугарија) и од Хале и Зиген (Германија). Во овие центри, по покана, одржал и предавања“, посочува МАНУ.
Академик Бојан Шоптрајанов е основоположник и прв главен уредник на списанието „Гласник на хемичарите и технолозите на Македонија“ (Macedonian Journal of Chemistry and Chemical Engineering). Беше последен претседател на Унијата на хемиски друштва на Југославија, а потоа и претседател на Сојузот на хемичарите и технолозите на Македонија. Долг период беше апстрактор на рефералното списание Chemical Abstracts. Покажуваше голем интерес за македонскиот литературен јазик, а особено за практикувањето на јазикот во хемијата. На оваа тематика ѝ има посветено серија објавени трудови.
За својата целокупна активност на полето на развојот на научната и на наставната дејност, во која бил постојан иницијатор за воведување нови современи методи, професорот Шоптрајанов има добиено голем број награди и признанија, меѓу кои: Орден за заслуги за народ со сребрена ѕвезда, Државна награда „11 Октомври“, Плакета на Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“, Томазиусов медал на Универзитетот во Хале и други.
За дописен член на Македонската академија на науките и уметностите е избран во 1994 година, a за редовен член е избран во 1996 година. Бил потпретседател на МАНУ, секретар на Одделението за математичко-технички науки и раководител на Истражувачкиот центар за животна средина и материјали при МАНУ. Во 2008 година е избран за член на Европската академија на науките во Салцбург, Австрија.
